Phantasy Star Universe puede considerarse la secuela de Phantasy Star Online con un juego de rol de hack-and-slash. Una vez más, hay dos componentes: contenido en línea y fuera de línea. En la historia para un jugador sin conexión, Ethan Weber, de 17 años, es un cadete militar con la misión de salvar a su hermana secuestrada de una fuerza misteriosa llamada LA SEMILLA. Estos eventos y personajes complementan el juego en línea. Además, hay un modo fuera de línea que se juega de manera similar al modo en línea, con personalización de personajes.
En el componente MMORPG en línea, los jugadores crean su personaje basándose en cuatro razas: humanos, CAST, Newman y bestias, con 3 clases principales que aún se pueden cambiar durante el juego. Una vez en un nivel alto, hay una mayor especialización con 7 clases avanzadas. La personalización del personaje incluye la ropa, el cabello, los rasgos faciales, la voz y las proporciones corporales.
El juego tiene lugar en el Gurhal Star System, con tres planetas para explorar. Los jugadores también pueden formar equipos en combates por equipos y afrontar más de veinte mazmorras enormes. Se han mejorado las opciones de movimiento del juego anterior, con mejoras como el ametrallamiento. Los personajes pueden empuñar diferentes armas para cada mano y hay vehículos controlados por el jugador. Se requiere una tarifa mensual para seguir jugando.