Nuestro "héroe", Crypto 137, está de vuelta. La Tierra está bajo ataque nuevamente en otra invasión alienígena. El escenario es ahora la década de 1960. Andas cazando humanos con tu Zap-o-Matic, Ray Gun o armas nuevas. De vez en cuando, hay misiones de sondeo en las que puedes hipnotizar a un humano para que haga algo para llevar a cabo tus planes para el Imperio Furon. También hay misiones en las que engañas a los humanos para que sean secuestrados por tu nave.
Crypto también tiene nuevas armas: Dislocator, un arma que dispara discos morados y agarra cualquier cosa (incluidos los tanques) para golpearlos; el Meteor Strike, un arma que puede arrojar lluvias de meteoritos sobre el enemigo... y otra arma llamada Gastro, que es un holograma en un aerodeslizador que ayuda a Crypto.
Las misiones secundarias ahora tienen historias desarrolladas; además, hay misiones de culto en las que convences a los humanos para que adoren a un Dios alienígena. También se ha añadido un modo cooperativo. Todo el juego se puede jugar en una pantalla dividida y el segundo jugador puede entrar o salir de la acción en cualquier momento a través del menú de pausa.