Hace mucho tiempo, una raza de seres llamada Luminoth se asentó en el planeta Aether. Construyeron controladores de energía para aprovechar la "luz de Aether" para prolongar la vida de su planeta y sus habitantes. Después de muchas eras de paz y prosperidad, un meteoro chocó contra el planeta; esta colisión abrió una grieta dimensional en otro mundo, llamado Dark Aether. De este mundo vino una raza malvada de seres conocidos como los Ing, y durante muchas eras se libró una guerra entre los Ing del mundo oscuro y los Luminoth del mundo de la luz. Con el tiempo, el Ing comenzó a ganar, convirtiendo el mundo de la luz en oscuridad. Aproximadamente en este momento, una nave espacial de la federación persigue a una nave de los Piratas Espaciales, que es destruida por el Ing, a través del área. Preguntándose sobre el destino de esta nave, la Federación Galáctica envía un mensaje urgente a Samus Aran, pidiéndole que encuentre a la tripulación e investigue el planeta Aether.
Esta es la secuela de Metroid Prime, donde los jugadores controlan una vez más a la cazarrecompensas Samus Aran cuando llega a Aether. El juego se juega tanto desde una vista en primera persona (caminar, correr, saltar) como desde una vista en tercera persona (modo morph ball y escenas cinemáticas). El juego utiliza una combinación de elementos de juego de acción, aventura y plataforma; mientras busca, el jugador puede descubrir la historia al encontrar informes de la federación y la tradición de Luminoth. Hay una variedad de acertijos para resolver para llegar a nuevas ubicaciones, diferentes paisajes en los que el jugador puede saltar y luchar y atacar a muchos enemigos. Como de costumbre, los jugadores comienzan el juego con capacidades limitadas, pero se pueden encontrar armas adicionales y actualizaciones de trajes, incluidos algunos estándares de la serie Metroid, como el traje varia, bombas de bolas morph y misiles, junto con algunas armas nuevas, como el oscuro. traje, haz oscuro y haz de luz.
Metroid Prime 2: Echoes también cuenta con modos multijugador para hasta cuatro jugadores. En el combate a muerte, los combatientes deben cazar a cada uno de los otros jugadores. Esta variación se puede jugar con un límite de tiempo o donde gana la mayor cantidad de fragmentos. La segunda opción se llama modo de recompensa; en esta variación, cada jugador comienza con una cantidad de monedas de recompensa. Cuando un jugador golpea a otro jugador con un ataque poderoso, algunas de sus monedas caerán y se podrán recolectar. Las monedas también se pueden encontrar en todo el paisaje, y el jugador con más monedas al final gana.