Industrias Burnital está provocando una crisis energética en Planet Midway. En un intento desesperado por rectificar la situación, el alcalde le pide a regañadientes al científico loco, Dr. Muto, que use su máquina Genitor 9000. Sin embargo, la máquina termina destruyendo la mayor parte del Planeta Midway. Para restaurar el planeta, Muto debe salir a buscar isótopos, Terra y piezas del Genitor 9000 que se dispersaron en los cuatro planetas que posee Burnital Industries.
El juego implica recolectar los elementos antes mencionados. Si bien los isótopos se pueden encontrar por todas partes, las piezas de Terra se recolectan al completar desafíos. y las piezas de Genitor se obtienen al derrotar al jefe de un planeta. Cada planeta también contiene siete piezas de desecho para que las encuentre Muto. Recolectar los desechos le dará a Muto un nuevo dispositivo para usar, como botas cohete o un traje de invisibilidad.
Si bien el Dr. Muto puede saltar y atacar a los enemigos, también puede transformarse en varias criaturas diferentes usando su Splizz Gun. Muto puede transformarse en un ratón, una araña, un gorila, un pez o un pterodáctilo. Esto es necesario ya que las criaturas tienen habilidades únicas, como que el ratón pueda caber en espacios reducidos y el pterodáctilo tenga la capacidad de volar.