Splinter Cell es un juego de acción en tercera persona con un enfoque en el sigilo, similar a la serie Metal Gear Solid. El jugador asume el papel de Sam Fisher, un agente de la organización secreta NSA Black Operation, que forma parte del gobierno de EE. UU. La organización se ocupa de misiones muy delicadas, a menudo asumidas por una división celular astillada de Third Echelon de la que Fisher forma parte. Sus misiones son tan discretas, que si lo capturan, el gobierno negará la existencia de esa organización.
Para moverse y alcanzar sus objetivos, Fisher tiene una variedad de movimientos a su disposición. Puede caminar, correr, agacharse, saltar, hacer rappel, balancearse, cruzar cables horizontales, hacer una cremallera con un cordón de cremallera y hacer un salto dividido. Existen diferentes enfoques para eliminar enemigos. Puede usar armas, pero el ruido puede alertar a los guardias y eso generalmente hace que sea más difícil completar las misiones. Los oponentes pueden ser aturdidos, asesinados o sometidos. Fisher, por ejemplo, puede saltar desde el techo y dejar inconsciente a un oponente. Se necesitan algunos enemigos para activar una puerta o un código de acceso. Por lo tanto, los enemigos pueden ser tomados como rehenes apuntándoles con un arma en la cabeza. También se pueden interrogar o utilizar como escudos humanos.
Otras características incluyen la capacidad de mirar a través de una puerta antes de pasar o usar una cámara con cable óptico (una cámara "serpiente") para mirar por la parte inferior y verificar lo que hay adelante. Como la atención se centra en el sigilo, la cantidad de armas es bastante pequeña. Hay un rifle de asalto FN F2000 que puede equiparse con un silenciador y otras modificaciones, y hay una pistola FN Five-Seven con silenciador. La munición es limitada y las balas adicionales son escasas. Se anima a los jugadores a evitar el peligro escabulléndose entre las sombras y escondiéndose detrás de los objetos. Fisher tiene acceso a un medidor de luz para verificar qué tan visible es, y visión nocturna, así como gafas térmicas para ver en la oscuridad y ver temperaturas más cálidas en color. Otras armas son proyectiles de superficie aerodinámica de anillo, granadas de gas y amortiguadores pegajosos.
La versión de Xbox es la original, con una versión muy adaptada para PC y puertos separados para PS2 y GameCube. Estos últimos tienen ligeros cambios en los niveles en general para que sea un poco más fácil. Cada versión también contiene algunas características exclusivas. Las versiones para Xbox y PC incluyen tres misiones descargables adicionales (Tom Clancy's Splinter Cell: Mission-Pack). La versión de PS2 tiene un nivel exclusivo, y la versión de GameCube se puede conectar con un Game Boy Advance a través de un cable de enlace para ver un mapa superior. Las versiones de PS2 y GameCube incluyen elementos binoculares adicionales, y esta última también tiene un arma bomba extra adhesiva. El lanzamiento de PS2 también tiene una cinemática de introducción pre-renderizada exclusiva de 5 minutos con partitura orquestada completa, que muestra cómo se capturaron los dos agentes que te envían a buscar al comienzo del juego.