Pro Evolution Soccer 6 entra en la pantalla de 2006/2007 con intercambio actualizado de clubes y jugadores nacionales. Algunos clubes nuevos recibieron sus nombres propios (como Manchester United en lugar de Man Red), mientras que otros lo han perdido (como Chelsea, que ahora es una vez más London FC). Sin embargo, a pesar de los nombres, los jugadores tienen razón, ya que el Chelsea tiene a Ballack y Schevchenko, el Real Madrid ahora tiene a Van Nistelrooy, que estuvo en el Manchester United, y así sucesivamente.
Los controles son los mismos, pero los movimientos y las estrategias han cambiado, como suele ocurrir de un juego a otro. Las faltas no son tan fáciles como en el juego anterior, pero ahora los jugadores giran demasiado lento a menos que sepa cómo hacerlo correctamente. Los movimientos son mucho más realistas y los porteros no atrapan todos los balones con facilidad, incluso uno fácil a veces puede pasar desapercibido. Dicho esto, todo da un paso más hacia la realidad, mientras que pierde el factor de realidad en algunos otros lados. Las cámaras son típicas de transmisión, torre y perspectiva de pájaro, y aún se incluyen copas, liga y liga maestra.
La versión de Xbox 360 es la única que tiene gráficos de alta definición y más animaciones, ya que la versión para PC es una conversión del motor de PS2. Sin embargo, la versión 360 carece de algunas características, como el juego cooperativo, la tienda PES, una función de guardado de repetición y algunas configuraciones menores, como la capacidad de crear jugadores, renombrar ligas, editar kits, nombres de equipos, botas y apariciones de jugadores. y no puedes intercambiar combinaciones de kits.