Harvest Moon: Magical Melody vuelve al concepto del juego original de Harvest Moon , excluyendo muchas de las características más nuevas incorporadas en títulos posteriores.
Volviendo al juego hay temporadas completas de 30 días, festivales y el aspecto de arriba hacia abajo de los originales. También por primera vez en la serie Harvest Moon , juega como hombre o mujer (nota: ¡solo hay un personaje masculino en la versión europea/PAL!) y elige entre numerosos cónyuges para casarte. Otras características nuevas incluyen la compra de terrenos, la colocación de muebles en la casa del jugador y muchas otras cosas. Los minijuegos multijugador también están disponibles para desbloquear, para jugar con amigos y familiares.
Otra característica es el sistema rival, donde un oponente también intenta salvar a la Diosa de la Cosecha, ganar premios en festivales y ser el que envía la mayoría de los artículos diariamente. En la versión en inglés, el jugador puede eventualmente incluso casarse con su rival, pero esto termina el juego. Además de encontrar un cónyuge, la segunda misión principal es salvar a la diosa. Para hacerlo, el jugador debe alcanzar objetivos para reunir notas musicales y formar la melodía mágica titular.