Ys VI: The Ark of Napishtim es una secuela directa de Ushinawareta Suna no Miyako Kefin , la quinta entrega de la serie japonesa de juegos de rol de acción. Una vez más, el jugador controla al personaje principal de la serie, el aventurero Adol Christin, en un nuevo viaje. La nave de Adol ha sido atacada y pierde el conocimiento. Después de un rato, se despierta en la orilla del mar, rescatado por los Rehda, un pueblo parecido a un elfo que vive en un pequeño pueblo. Pronto se verá envuelto en la búsqueda de un misterioso tesoro escondido en algún lugar de las islas cercanas y tendrá que enfrentarse a un ambicioso oficial del imperio que no tolerará a ningún rival en su búsqueda.
El arca de Napishtimes un juego de rol de acción ambientado (por primera vez en la serie) en un entorno completamente en 3D. El mundo del juego es perfecto, con áreas transitorias de otros mundos que conectan mazmorras y asentamientos. Gran parte del juego tiene lugar en áreas hostiles, donde el protagonista se involucra en combates de acción de ritmo rápido contra enemigos y jefes regulares. Como su predecesor inmediato, el juego abandona el estilo de combate de "golpes" de las entregas anteriores, optando en cambio por el combate activo más común. Adol puede ejecutar ataques regulares y saltar, así como combinarlos para cortes hacia arriba y hacia abajo, ataques de carrera y saltos más largos. Se otorgan puntos de experiencia y dinero por derrotar a los enemigos, y subir de nivel está completamente automatizado. La armadura y los accesorios se pueden encontrar en cofres del tesoro o se pueden comprar.
Solo hay tres espadas durante el juego, cada una correspondiente a un elemento en particular. Cada espada viene con su propio hechizo mágico único. Estas espadas se pueden subir de nivel en un taller específico gastando cristales azules conocidos como "emel", que los enemigos dejan caer. A medida que las espadas suben de nivel, su poder de ataque aumenta, y sus respectivos hechizos mágicos ganan niveles y también se vuelven más dañinos.