Yager es un juego de combate aéreo futurista que pone al jugador en el papel del as del aire Magnus Tide. Después de estrellarse su avión, perder su trabajo y ser abandonado por su novia, siente que su vida no puede empeorar. Afortunadamente, Magnus logró conseguir un nuevo barco y un nuevo trabajo como autónomo para su antiguo empleador, Proteus. Desafortunadamente para Magnus, su nuevo trabajo no podría haber llegado en peor momento, ya que el mundo está al borde de una guerra a gran escala.
Es esta guerra en la que Magnus debe sobrevivir y prosperar. Desde la cabina, el jugador debe disparar a través de 22 misiones a través de un terreno receptivo, con objetivos terrestres y aéreos. A medida que avanza el juego, se dispone de mejor maquinaria.