WipEout Fusion es un juego de carreras futurista con elementos de acción. Los jugadores compiten en la F9000 Anti-Gravity Race League, conduciendo aerodeslizadores y, a veces, usando armas contra los oponentes para lograr la victoria.
Al igual que WipEout 3, el juego contiene modos de una sola carrera y de liga, así como un modo de juego de pantalla dividida para dos jugadores. El modo de carrera individual (llamado Arcade) se usa para desbloquear nuevas pistas. El modo desafío de WipEout 64 regresa con algunas mejoras: cada equipo tiene su propio conjunto de seis desafíos, que deben completarse con una medalla para desbloquear el siguiente. Un nuevo modo Zone requiere que los jugadores conduzcan tantos bucles como sea posible en una pista mientras aumentan continuamente la velocidad.
Las nuevas armas incluyen el cañón de protones, el lanzallamas, la bomba de gravedad, los súper misiles, el campo sísmico, el cohete nitro y otros. Hay un total de ocho vehículos y equipos disponibles: Xios (Finlandia), Feisar (Consorcio Europeo), Van Uber (Alemania), Tigron (Rusia), EG-R (China), G-tech (Japón), Auricom (Norteamérica ) y Piraña (Brasil). Una vez que un equipo ha completado una cantidad suficiente de desafíos en el modo Desafío, adquiere una licencia para una súper arma única.
Otra característica nueva de WipEout Fusion son las actualizaciones de los aerodeslizadores. Según su desempeño, los jugadores reciben créditos después de las carreras, que pueden usarse para aumentar la velocidad, el empuje, la potencia de las armas, la fuerza del escudo, la estabilidad lateral y la fuerza de frenado de un vehículo. Los vehículos mejorados se pueden usar en cualquier otro modo de juego, con la excepción del modo Desafío.