En Valkyrie Profile: Covenant of the Plume, el jugador asume el papel de Wylfred, un joven guerrero cuyo padre murió en la batalla cuando aún era un niño, mientras protegía a un amigo. Él y su familia sufrieron mucho por la muerte del padre y su hermana también murió de hambre. Wylfred ahora busca vengarse de los dioses para traer un destino tan malo a su familia, incluso aunque su padre hizo un gesto honorable.
El sistema de batalla es un cruce entre los juegos de rol tácticos y los juegos anteriores de Valkyrie Profile. La batalla se lleva a cabo en una cuadrícula con gráficos isométricos en 3D, pero cuando una unidad ataca a otra, el combate se mueve a una vista más cercana donde el jugador tiene que hacer combinaciones de botones para derrotar al enemigo. Cualquier unidad que esté cerca del atacante y en el mismo clan también participará en combate, por lo que hay una gran ventaja en los oponentes circundantes. Otra característica única de este juego es que el jugador puede usar una pluma maldita para hacer que un personaje sea ultrapoderoso, pero muere después de la batalla. La forma en que actúa el jugador durante las batallas también puede afectar la historia.