The Legend of Zelda: Skyward Sword una vez más pone al jugador en control de Link, un niño hyliano que esta vez vive en la nación flotante de Skyloft. Link está enamorado de una chica local llamada Zelda, pero un día, mientras volaba en sus monturas de pájaro, aparece un tornado de la nada y se lleva a Zelda lejos de Link. Después de eso, Link se une a Fi, un espíritu que vive dentro de una espada, y desciende a la superficie olvidada hace mucho tiempo para buscar a Zelda.
El juego está estructurado de manera muy similar a los juegos anteriores de Zelda: viajas a través de un supramundo en busca de templos para visitar y, una vez dentro, resuelves una serie de acertijos antes de luchar contra un jefe al final y recibir la siguiente parte de la trama. El mayor cambio es que el supramundo está más centrado en los acertijos esta vez con solo un puñado de acción. También es nueva la implementación de Wii Motion Plus, que permite controles 1:1 completos y nuevas posibilidades de rompecabezas.
La versión 2021 de Nintendo Switch HD incluye:
Gráficos mejorados y velocidad de fotogramas
Controles de movimiento mejorados y esquema de control de botones y palancas completamente nuevo
Control de cámara gratuito en ciertos puntos del juego
Una función intuitiva de guardado automático, que permite al jugador guardar automáticamente al pasar una estatua de búho. En lugar de detener y guardar manualmente
Tutoriales de apertura optimizados y descripciones de elementos, así como escenas y diálogos que se pueden omitir (incluida la interacción de Fi con Link).
Compatibilidad con amiibo, utilizando el nuevo amiibo Loftwing para transportar instantáneamente a Link a The Sky y The Surface y viceversa.