The Legend of Zelda: Skyward Sword una vez más coloca al jugador en control de Link, un niño Hylian que esta vez vive en la nación flotante de Skyloft. Link está enamorado de una chica local llamada Zelda, pero un día, mientras volaban en sus monturas de pájaros, un tornado aparece de la nada y se lleva a Zelda lejos de Link. Después de eso, Link se une a Fi, un espíritu que vive dentro de una espada, y desciende a la superficie olvidada hace mucho tiempo para buscar a Zelda.
El juego está estructurado de manera muy similar a los juegos anteriores de Zelda: viajas a través de un mundo en busca de templos para visitar y una vez dentro resuelves una serie de acertijos antes de luchar contra un jefe al final y recibir la siguiente trama. El mayor cambio es que esta vez el supramundo se centra más en acertijos con solo un puñado de acción. También es nueva la implementación de Wii Motion Plus, que permite controles completos 1:1 y nuevas posibilidades de rompecabezas.