The Legend of Zelda llega a Nintendo DS con The Legend of Zelda: Phantom Hourglass . Este juego comienza donde terminó el Wind Waker para GameCube. Link, su amiga Tetra y su banda de piratas navegan por mares inexplorados cuando se encuentran con un barco fantasma. Cuando Tetra quiere explorar el barco, desaparece y Link, que la persigue, cae al mar y queda varado en una isla desconocida.
Sin dejar de ser fiel a la leyenda tradicional de Zeldafórmula, los controles de este juego son drásticamente diferentes de otros títulos de Zelda. Esta vez solo usas la pantalla táctil para hacer que Link se mueva y ataque en lugar de botones. Por ejemplo, balancear tu espada se hace con una línea corta horizontal o verticalmente frente a Link, o tocando a un enemigo específico. Link puede dar un salto mortal hacia adelante haciendo que el jugador dibuje un pequeño círculo en el borde de la pantalla mientras corre. El bumerán se puede lanzar en un camino específico dibujando su ruta exacta en la pantalla táctil.
También puede usar la pantalla táctil para tomar notas de tesoros secretos y elementos en el mapa simplemente escribiéndolos. Navegar por el mar también se realiza simplemente dibujando la ruta en el mapa. Mientras se recorre la ruta, el jugador puede desplazarse por la pantalla para buscar enemigos y otros obstáculos. La ruta del barco también se puede cambiar durante el viaje si algo más llama la atención del jugador. Más tarde, el jugador puede incluso ir a pescar en el mar, utilizando el lápiz óptico para tirar de la caña y enrollar su captura.
El juego se presenta en el mismo estilo de sombreado de celdas que el Wind Waker, pero se muestra desde una perspectiva clásica de arriba hacia abajo.