Siguiendo los pasos de The Legend of Zelda: Ocarina of Time 3D, Majora's Mask 3D es una nueva versión mejorada del juego de Nintendo 64 The Legend of Zelda: Majora's Mask. Mantiene la misma historia que el original: mientras monta a Epona a través de Lost Woods en busca de un invaluable amigo perdido, Link es emboscado por Skull Kid y dos hadas, quienes roban a Epona y la Ocarina of Time. Al alcanzarlos, Skull Kid convierte a Link en un Deku Scrub y huye, pero una de las hadas, Tatl, se queda atrás y comienza a viajar con Link. Al emerger en un nuevo reino llamado Termina, Link es informado por el vendedor de máscaras felices de que Skull Kid le ha robado una preciosa máscara, la malvada y poderosa Majora's Mask. Link luego se entera de que la luna está cayendo sobre la ciudad central de Termina, Clock Town, y solo tiene tres días para detenerla.
Además de las actualizaciones gráficas, se reordenaron, eliminaron o ampliaron algunas características relacionadas con la historia y la búsqueda, y se agregaron algunas características nuevas, como dos agujeros de pesca, uno cerca de Southern Swamp y otro en Zora Cape. Las peleas de jefes también se modifican, con nuevos puntos débiles agregados en forma de un gran ojo que se parece a los de Majora's Mask. Usar las viejas estrategias no funcionará esta vez. Ahorrar también es diferente. Tocar la Canción del tiempo para volver al amanecer del primer día ya no guarda automáticamente el juego. En cambio, el juego debe guardarse en Owl Statues, que ya no obliga al jugador a suspender el juego, o Quill Statues, que puede guardar el juego, pero no se puede deformar.