Comenzando donde terminó Star Wars Episodio II: El Ataque de los Clones, debes tomar el control de Anakin Skywalker, Mace Windu u Obi-Wan Kenobi y liderar el Ejército de la República contra la Confederación de Sistemas Independientes.
Las Guerras Clon continúan con Mace Windu escoltando la emboscada Jedi a la arena de Geonosis, lo que lleva a la Batalla de Geonosis y al comienzo de las Guerras Clon. Después de la Batalla de Geonosis, Anakin y Obi Wan son enviados a patrullar una parte muerta del sector de la República, hasta que una enorme flota confederada embosca el planeta estratégicamente inútil de Rhen Var. Después de esto, Anakin y Obi Wan pronto descubren que puede haber algo más oscuro detrás de la invasión de Rhen Var. Se enteran del Dark Reaper, un dispositivo Sith malvado y poderoso que podría recolectar el poder de los vivos y usarlo como un arma concentrada. ¡Ahora depende de la República evitar que esta arma se active y destruya la galaxia!
The Clone Wars te lleva a lo más profundo de las batallas de la Antigua República a través de 16 misiones, pilotando una variedad de vehículos que incluyen motos deslizadoras, cañoneras de la República y tanques de combate, así como el arma del Jedi, tu sable de luz, para el combate cuerpo a cuerpo. Mientras que la serie Rogue Squadron se concentraba en batallas aéreas, The Clone Wars contiene casi todas las batallas terrestres. Debes luchar como Anakin Skywalker, Obi Wan Kenobi, Mace Windu y otros a lo largo del juego para evitar que la Confederación obtenga un arma mortal. También se incluyen opciones multijugador para hasta cuatro jugadores con tipos de juego que incluyen combate a muerte, conquista y un modo cooperativo de supervivencia terrestre y de vehículos.