Anteriormente en la saga Star Wars, se desarrolló una historia desconocida entre dos hermanos, con nombre en código X1 y X2. Estos dos hermanos, clonados de un Jedi, crecieron para convertirse en una parte importante de las Guerras Clon, entrenadores y líderes del ejército que lideraría la República contra aquellos que tuvieran la tentación de destruir el orden dentro de la Galaxia. Desafortunadamente para ambos, sus mundos se derrumbarían cuando el Emperador ascendiera al poder, colocando la Orden 66 y desmantelando la Orden Jedi de una sola vez. X2, desesperado por mantener sus sueños de paz, se unió a la Alianza Rebelde, un pequeño grupo que se oponía a los caminos del Imperio. X1, sin embargo, se quedó con los nuevos líderes del Galaxy. Ahora, los dos hermanos están en curso de colisión para decidir su destino y el destino de la propia Galaxia.
Además de la campaña de 12 niveles entre hermanos,Elite Squadron sigue el camino similar de la anterior serie Battlefront , específicamente su multijugador, donde dos equipos compiten para capturar partes del mapa del juego. Los mapas pueden variar desde tierra, espacio o dentro de las batallas de naves espaciales, la mayoría abarcando los tres elementos. Cada jugador puede seleccionar entre estilos de personaje predeterminados, algunos más expertos en ciertas habilidades que otros (como pilotar un X-Wing o Tie-Fighter, o usar explosivos). La campaña para un jugador usa la mayoría de estos elementos entre los arco narrativo.