Spider-Man: Web of Shadows - Amazing Allies Edition es un juego de desplazamiento lateral en 2D con gráficos en 3D. La historia es similar a la de las versiones de consola de séptima generación. Un fragmento del simbionte de Venom comienza a infectar a los neoyorquinos y le corresponde a Spider-Man salvar la ciudad. Puede cambiar entre el traje trasero y el rojo en cualquier momento, cada uno de los cuales tiene su propio conjunto de movimientos y habilidades.
A medida que Spider-Man derrota a los enemigos, recibe puntos de habilidad que pueden usarse para comprar estadísticas mejoradas y nuevos movimientos. Estos están separados para cada disfraz. En general, el rojo se centra en la agilidad y el negro en la brutalidad. Para poder comprar movimientos debes tener no sólo los puntos necesarios, sino también suficiente reputación. A lo largo del juego, tienes conversaciones con otros personajes en las que te dan opciones de rojo, negro o neutral. Responder rojo o negro construirá la reputación de ese palo, al igual que otras acciones a lo largo del juego.
Puedes llevar cinco potenciadores a cada nivel. Pueden ser habilidades especiales, como la invencibilidad temporal o los aliados del mismo nombre. Cuando se les invoca, aparecen en la pantalla y causan su tipo específico de daño, luego desaparecen. Los aliados se desbloquean al vencer a los jefes. El traje rojo desbloquea héroes aliados como Luke Cage y Storm y el traje negro desbloquea villanos aliados como Galactus y Hobgoblin.