Los oficiales junior de la Patrulla Interplanetaria Nanairo, Rallen y Jeena, están en una misión de rutina cuando escuchan una extraña llamada de socorro. Encuentran los restos de una antigua cápsula de escape. Su habitante está en sueño criogénico y cuando revive les habla de una nueva y terrible amenaza: el Krawl. Los Krawl son una forma de vida alienígena que consume planetas enteros y ya han sido vistos en esta parte de la galaxia.
Afortunadamente, hay una forma de derrotarlos. Esto requiere la ayuda de una forma de vida extinta llamada Spectrobes. Rallen y Jeena deben visitar planetas para encontrar fósiles de estos Spectrobes, excavarlos, despertarlos y entrenarlos. Hay casi 500 diferentes para que el jugador coleccione e intercambie. Para excavar un Spectrobe, el jugador primero debe localizarlo usando otro Spectrobe. Con el lápiz óptico de la pantalla táctil, se pueden quitar con cuidado capas de roca y tierra para desenterrar el fósil, sin dañarlo.
Luego, el fósil debe llevarse de regreso a la nave espacial, colocarlo en una máquina y despertarlo usando su voz o soplando en el micrófono. El suelo también contiene varios cristales y minerales, que pueden usarse para alimentar y entrenar a los Spectrobes. Evolucionarán a etapas más fuertes y efectivas.
Los Krawl están en los planetas en forma de vórtices. Caminar demasiado cerca de ellos desencadena una batalla, en la que dos Spectrobes se unen a Rallen contra el enemigo. Con una combinación de botones y botones de hombro, los Spectrobes pueden desatar poderes de ataque especiales o combinar sus respectivos ataques en acción en tiempo real.
A través de WiFi y en un sitio web dedicado, los jugadores pueden luchar entre sí o intercambiar Spectrobes y artículos. Se pueden descargar coleccionables especiales. Los elementos y los Spectrobes también se pueden agregar al juego usando tarjetas de juego con orificios a través de los cuales se debe tocar la pantalla táctil en un orden específico.