Junkyard es un páramo sombrío, un reino de lluvia eterna y batalla eterna. Sus habitantes se dividen en seis tribus que luchan constantemente entre sí, cada una tratando de convertirse en el campeón, ganándose un pasaje a la tierra prometida Nirvana. Serph es el líder de Embryon, una pequeña tribu con sede en la región Muladhara de Junkyard. Un día, Embryon y sus rivales, los Vanguards, encuentran una vaina extraña, que ambos creen que es un arma colocada por la otra tribu. Durante la pelea, la cápsula se abre y, como resultado, Serph y sus lugartenientes se transforman en demonios, literalmente devorando a los Vanguards.
La vaina desaparece y, en su lugar, Serph encuentra a una chica de cabello negro misteriosa, aunque extrañamente familiar, que no recuerda nada de sí misma. Serph y sus amigos intentan descubrir quién o qué la envió a Junkyard, cuál es el significado de su transformación demoníaca y, en última instancia, quiénes son realmente y cómo terminaron en ese lugar desolado. Mientras tanto, la batalla por la supervivencia continúa, y pronto solo una tribu conservará la esperanza de abandonar el depósito de chatarra para siempre.
Digital Devil Saga es un juego de rol ambientado en un mundo postapocalíptico con elementos de la cultura india, influenciados por las enseñanzas y la mitología del hinduismo. El juego pertenece al universo Megami Tensei; se considera un spin-off, comparable en esta posición a la serie Persona. El juego comparte varios elementos temáticos y relacionados con la jugabilidad con otros títulos de Megaten: fuertes matices mitológicos, entorno postapocalíptico, mazmorras bastante complejas, magia elemental y de apoyo, etc. Sin embargo, a diferencia de otros juegos de Megaten, es imposible comunicarse con enemigos aleatorios (demonios) hablando con ellos, o convocarlos en batallas en este juego.
En cambio, Serph y sus compañeros pueden convertirse ellos mismos en demonios. Durante el combate por turnos, los personajes pueden luchar como humanos (usando armas); sin embargo, transformarse en sus contrapartes demoníacas es la única forma de usar magia y habilidades especiales. Los personajes aprenden nuevos hechizos, ataques e inmunidades comprando Mantras, que actúan como conjuntos de equipos. Los mantras se ubican en una cuadrícula y se dividen en categorías; para desbloquear Mantras más fuertes dentro de la misma categoría, el personaje primero debe comprar uno más débil, moviéndose en un camino definido. Las habilidades contenidas dentro de un Mantra se aprenden gradualmente, dependiendo de la cantidad de Puntos Atma (AP) reunidos en las batallas. El uso de habilidades devoradoras para acabar con un enemigo aumenta considerablemente la cantidad de AP recibida.
El sistema de combate basado en puntos débiles se ha heredado de Shin Megami Tensei: Nocturne. El grupo controlado por el jugador y los enemigos pueden ganar turnos adicionales al explotar las debilidades físicas o elementales de los oponentes.