Es la Segunda Guerra Mundial, y el jugador asume el papel de un piloto estadounidense, el Capitán Lewis Stone, que es arrojado a un campo de prisioneros de los nazis. Mientras intenta escapar del campamento, el Capitán Stone descubre que los alemanes están desarrollando un arma secreta que pretenden usar contra los Aliados. Pronto, su deseo personal de escapar se convierte en un deseo de salvar al mundo de la destrucción que planean los nazis.
Prisoner of War puede describirse como un juego de sigilo. A diferencia de la mayoría de los otros juegos de este tipo (por ejemplo, Thiefserie), el juego se basa por completo en el sigilo, sin ofrecer opciones violentas. El protagonista está indefenso en el campo de prisioneros y su única arma es su ingenio. Escabullirse de los guardias para entregar un objeto importante a un compañero de prisión, esconder objetos, permanecer en las sombras para evitar ser reconocido y otras actividades basadas en el sigilo ocupan la mayor parte del juego.