Pikmin 3 es la tercera entrega de la serie Pikmin . El juego se centra en el control de tres nuevos personajes: Alph, Brittany y Charlie. Viajan a PNF-404 (el planeta que aparece en los dos primeros juegos) para salvar a su planeta natal, Koppai, de la hambruna mediante la cosecha de semillas de la fruta del planeta. Al llegar al planeta, descubren a los Pikmin, una especie servil que es a la vez vegetal y animal, que utilizan para recolectar la fruta y luchar contra las muchas criaturas feroces del planeta.
Hay cinco tipos de Pikmin que se encuentran a lo largo del juego. Los Pikmin rojos, amarillos y azules son resistentes al fuego, la electricidad y el agua, respectivamente. Nuevo en Pikmin 3son variedades Rock y Winged Pikmin. Los Rock Pikmin tienen un exterior duro, similar a una roca, que puede causar daños masivos por impacto y son resistentes a las fuerzas contundentes. Finalmente, los Pikmin alados son más débiles en la batalla, pero pueden transportar objetos sobre paredes y huecos, así como combatir enemigos en el aire.
A diferencia de los dos primeros juegos, Pikmin 3 no tiene límite de tiempo pero, sin embargo, asigna al jugador la gestión de recursos. Se exprime jugo de cada pieza de fruta que el jugador recolecta. Se consume una botella de jugo al final de cada día. Si el jugador se queda sin jugo, se acabó el juego.
El GamePad actúa como el KopPad de los exploradores y muestra Pikmin perdidos, frutas, nidos de Pikmin, personajes de jugadores y otros objetos en su mapa. El jugador puede hacer que los personajes se muevan a un lugar en el mapa por su cuenta haciendo clic en el icono Ir aquí en la pantalla táctil del GamePad. Esto permite a los jugadores realizar más tareas simultáneamente. Los jugadores también pueden usar el Pad para tomar fotos desde la perspectiva de los Pikmin y ver información sobre los Pikmin y los archivos que se encuentran esparcidos por el planeta.
El sistema de guardado funciona de la siguiente manera: si por alguna razón el jugador no está satisfecho con cómo fue un día determinado, puede regresar y reproducirlo para obtener un mejor resultado. Sin embargo, esto borrará los días que sucedieron después del día que el jugador elige para volver a jugar.
Además del Modo Historia, también hay modos Misión y Batalla de Bingo. El Modo Misión asigna al jugador la tarea de completar misiones en arenas especializadas de la manera más eficiente posible. La batalla de bingo es un modo competitivo para dos jugadores. El objetivo es recolectar elementos para crear un Bingo en la tarjeta del jugador, antes de que lo haga el jugador contrario.
El juego se puede jugar con una variedad de esquemas de control. El jugador puede usar GamePad y Pro Controllers con un esquema de control similar a los lanzamientos de GameCube Pikmin . O bien, pueden optar por Wii Remote y Nunchuck, que funciona de manera similar a los lanzamientos de New Play Control de los dos primeros juegos de Pikmin en Wii. Incluso pueden elegir jugar el juego completamente en el GamePad.