Phantom Brave es un juego de rol de estrategia que tiene lugar en el mundo de Ivoire. Ivoire se compone de vastos mares y numerosas islas; solía ser un lugar pacífico, pero una fuerza antigua (y poderosa) ahora amenaza la vida en varias tierras. El personaje que controlas en el juego es Marona, una niña huérfana de 13 años. Marona tiene la habilidad de comunicarse con fantasmas, una habilidad que trae mucho resentimiento de otras personas pero que la ayudará a salir al mundo y resolver los problemas que están ocurriendo. Un fantasma conocido como Ash actúa como guardián de Marona; a medida que avanza el juego, otros fantasmas se unirán a tu grupo, cada uno de los cuales tiene diferentes capacidades.
El juego cuenta con un sistema de combate por turnos. Durante las batallas, Marona puede atacar a los enemigos por sí misma y también puede invocar fantasmas en su grupo para ayudar. Para invocar fantasmas, deberás limitarlos a un objeto en la pantalla (como una roca o un árbol). Una vez confinado a un objeto, podrás controlar el fantasma en la batalla, aunque los fantasmas solo se pueden controlar durante un número limitado de turnos. El objeto al que confinas un fantasma afectará sus habilidades; por ejemplo, una roca puede hacer que un fantasma sea más fuerte pero se mueva más lento. Al derrotar a los enemigos en la batalla, ganas puntos de experiencia que te permiten subir de nivel y volverte más poderoso.
La historia del juego se desarrolla en 20 episodios. Cada episodio presenta un objetivo único que debe completarse antes de continuar. Entre episodios puedes visitar tu hogar en Phantom Island; aquí puedes invocar fantasmas adicionales para que se unan a tu grupo. Inicialmente, solo se pueden invocar unos pocos tipos de fantasmas, pero hay más disponibles a medida que se gana experiencia. También puede reproducir episodios ya completados o ingresar a una mazmorra aleatoria para subir de nivel a su grupo y ganar dinero adicional para comprar artículos.