Ninja Reflex es un juego para probar la velocidad de reacción y el tiempo de los jugadores. Los minijuegos consisten en atrapar moscas con palillos, atrapar peces Koi de un estanque y entrenar con armas de artes marciales de shuriken, espada samurái y nunchaku. Completar estas tareas le otorgará al jugador un cinturón digital de su propio sensai personal.
También hay un método de meditación donde el juego guiará al jugador a calmar su respiración y relajar sus músculos. Puede admitir hasta cuatro jugadores en un modo multijugador, lo que permite que los jugadores se desafíen entre sí para ver quién tiene tiempos de reacción más rápidos.