SpongeBob's Atlantis SquarePantis es un juego protagonizado por Bob Esponja y sus amigos. El juego está basado en la película para televisión del mismo nombre. El juego comienza con Bob Esponja y la pandilla tratando de escapar de Atlantis cuando se encuentran con Plankton en su tanque atlante recién adquirido. El juego continúa contigo tomando el control de los personajes y permitiéndote jugar los eventos que preceden a este momento.
La jugabilidad difiere en cada nivel. En el primer nivel, tomas el control de Plankton y su tanque robado que puede disparar su cañón de helado a los defensores atlantes. Bob Esponja y Patricio están atrapados en una cueva en el segundo nivel y tienen que trabajar juntos para salir. En el tercer nivel, Bob Esponja tiene que hacer fotografías en un museo mientras arroja empanadas de Crabby a las personas que se interponen en el camino de la fotografía. La pandilla viaja en autobús en el cuarto nivel y debes presionar los botones en el momento adecuado para mantener el autobús lleno de combustible y muchos errores harán que el autobús se quede sin gasolina.
En el quinto nivel tienes que conducir el autobús hasta el palacio y recoger las piezas para las reparaciones en curso. El Rey de la Atlántida te da un recorrido en el nivel seis. Debes guiar a todos de manera segura hasta el final del recorrido presionando los botones en el momento adecuado para evitar trampas. En el séptimo nivel mr. Cangrejo y Sandy van a recoger tesoros de la sala del tesoro. Sandy tiene que disparar un arma a las gemas mr. Lanzamientos de cangrejo. Esto te da puntos, tres iguales ganarán puntos de bonificación. Mientras posa para una clase de arte en el nivel ocho, Calamardo tiene que mantener su pose presionando los botones en el momento adecuado.
En el noveno nivel, Patrick tiene que hacer fotografías en un Museo Atlante mientras arroja empanadas de Crabby a las personas que se interponen en el camino de la fotografía. Mientras estaba en el museo, Patrick destruyó la burbuja más antigua del mundo. En el nivel diez, la pandilla tiene que escapar de la seguridad atlante usando cada una de las habilidades de las cartas para navegar por un laberinto. En el undécimo nivel, Plankton tiene que colarse en la armería. Tienes que pulsar los botones en el momento adecuado para no dar la alarma de seguridad. Mientras usa a Calamardo como arma en el duodécimo nivel, Sandy tiene que disparar a los guardias atlantes. El nivel trece te permite volver a tomar el control de Plankton y su tanque. En el nivel decimocuarto, tomas el control de un soldado atlante que tiene la tarea de deshacerse del amuleto que llevó a la pandilla a Atlantis presionando los botones en el momento adecuado mientras aparecen los créditos.