Todos los personajes de los primeros tres juegos de Mortal Kombat regresan para la batalla definitiva. Puedes jugar como Kano, Reptile, Mileena, Kung Lao, Shang Tsung, Sindel, Sketor, Stryker, Nightwolf, Sheeva, Kitana, Scorpion, Sonya, Smoke (Cyber Ninja), Rain, Jade, Baraka, Johnny Cage, Ermac, Noob Saibot, Sub-Zero (sin máscara), Sub-Zero (clásico), Jax, Rayden, Cyrax, Liu Kang, Smoke (humano), Kabal, Goro, Kintaro, Motaro o Shao Kahn.
Este juego es una lucha de artes marciales uno a uno. El jugador puede elegir entre más de treinta personajes diferentes, todos con su propio estilo de lucha y sus propios movimientos especiales. Trilogy se diferencia de los otros juegos en que puedes jugar combinaciones de personas que de otro modo no serían posibles, como el viejo Liu Kang contra el nuevo Liu Kang, etc.
Mortal Kombat Trilogy también te permite desafiar a un amigo a una pelea a través de una conexión de red Windows IPX.