LMA Manager 2006 añade más detalles a la serie de gestión de fútbol, con más jugadores, más clubes y más ligas jugables que nunca. Un mercado de fichajes más complejo, estadísticas de jugadores adicionales y partidos de entrenamiento en 3D permiten una gestión más sofisticada que en años anteriores. Ahora también puedes crear tu propio modelo de entrenador y verte caminando por la línea de banda durante un partido, siendo entrevistado en conferencias de prensa y recogiendo premios al final de la temporada.
El juego comienza con las estadísticas de pretemporada de agosto de 2005, pero había un proceso mediante el cual el jugador podía actualizar su juego descargando una base de datos de mitad de temporada que se guardaba en su tarjeta de memoria. El juego se puede jugar con clubes reales o con un equipo de fantasía, tiene dos niveles de dificultad y el personal de IA puede ayudar con las finanzas y el entrenamiento, solo con las finanzas, o el jugador puede manejar todo por sí mismo.
El número de clubes es muy extenso y abarca los siguientes países y ligas:
Inglaterra - Premiership, Championship, League one, League two y Conference
Escocia - Premiership, División 1, División 2 y División 3
Italia - Serie a y Serie b
España - Liga 1 y Liga 2
Alemania - Liga 1, Liga 2, Regional Nord y Regional Sud,
Francia - División 1, División 2, Nacional
Holanda - Eredivisie y Eerstedivisie
Portugal - Supa liga y Liga de Honor