Los robots militares causan estragos en las instalaciones de investigación de alta tecnología de Metrópolis. En Finlandia, criaturas genéticamente modificadas se hacen cargo del sistema ultrasecreto de comunicaciones del espacio profundo. Un equipo de criminales superpoderosos, que nunca antes habían trabajado juntos, se apoderan de una base de misiles en Nevada. Y en lo profundo de la superficie de Marte, docenas de guerreros alienígenas son liberados de su largo encarcelamiento...
Estos eventos aparentemente no relacionados resultan ser piezas de un plan siniestro, y serán necesarios los superhéroes más grandes de la Tierra para detenerlo: ¡La Liga de la Justicia!
Justice League Heroes es un juego de acción, también para dos jugadores en modo cooperativo, basado en la popular serie de DC Comics. Controla a los héroes más populares de DC: Superman, Batman, Wonder Woman, Green Lantern, Martian Manhunter, The Flash, Zatanna y un puñado de personajes desbloqueables como Aquaman, Green Arrow, Hawkgirl, Huntress, Hal Jordan y Kyle Rayner. Además, la versión de PSP cuenta con héroes desbloqueables exclusivos: Supergirl y Black Canary.
Los jugadores luchan en lugares famosos como Metrópolis, los laboratorios STAR y, por primera vez, la Atalaya de la Liga de la Justicia.
Muchos de los villanos más grandes de DC se enfrentan a nuestros héroes, incluidos Braniac, Killer Frost, Darkseid y Doomsday. Las batallas contra jefes son furiosas y únicas, no hay dos derrotados de la misma manera.
Los superpoderes se desarrollan a través de orbes de experiencia recolectados de una amplia gama de enemigos como los marcianos blancos, los droides asesinos de Brainiac y criaturas de dimensiones alternativas. Algunos orbes especiales conocidos como "impulsores" pueden mejorar los superpoderes. Los aumentos van desde daño mejorado, eficiencia, rango de ataque, suerte, velocidad y duración del superpoder. Se pueden combinar varios impulsos en uno único y más potente. Los jugadores pueden asignar sus orbes y potenciadores para personalizar a los héroes y adaptarlos mejor a su estilo de juego.
Los íconos de escudos especiales colocados a lo largo del juego se pueden recolectar y gastar para desbloquear personajes y trajes alternativos que afectan las habilidades de los héroes, así como su apariencia.