Jak II es un juego de plataformas de acción en 3D y la secuela de Jak and Daxter: The Precursor Legacy. Después de completar su búsqueda del título original, Jak y Daxter son lanzados a otro tiempo y espacio y al futuro de su planeta, y todo es diferente. Los dos se separan y Jak es encarcelado por el barón Praxis, el gobernante de Haven City. Durante dos años, se experimenta con Jak con el oscuro Eco, convirtiéndolo en un personaje casi parecido a Hulk, malvado y lleno de ira.
Rescatados por Daxter, los dos deben partir y encontrar una manera de cerrar la operación y vengarse del cambio incontrolable de Jak. En el camino se encontrarán con nuevos amigos y enemigos mortales (conocidos como Metal Heads), pero al menos ahora Jak tiene algo especial de su lado: armas, y muchas de ellas. Incluye una escopeta, un rifle de francotirador, una ametralladora y una poderosa arma explosiva. El juego incluye plataformas, carreras de vehículos, misiones de rescate, aerodeslizadores, minijuegos y disparos a varios enemigos (incluidas peleas de jefes).