Jak y Daxter son dos traviesos amigos del pueblo que, a pesar de la advertencia del sabio (pero gruñón) Samos, se escapan a Misty Island. Allí, Daxter cae accidentalmente en una piscina del malvado Dark Eco y se transforma en una criatura parecida a una comadreja. Llevar a Daxter a su forma humana original es un problema suficiente, y ahora los Lurkers están usando este Dark Eco para sus propias intenciones malignas. La trama continúa a medida que avanza el juego.
Nuestro(s) héroe(s) puede(n) saltar, hacer doble salto, dar patadas giratorias, hacer un uppercut, colgarse de cosas y montar varios vehículos y una criatura ocasional en el camino para completar las tareas asignadas. También hay varios NPC con los que interactuar y jugar sus misiones secundarias y minijuegos.