Jak 3 es un juego de plataformas de acción en 3D y la secuela de Jak II . Ha pasado un año desde que Jak y Daxter salvaron Haven City de Kor y los Metal Heads atacantes, pero Haven City todavía está inmersa en un caos mortal mientras tres grupos luchan por el control de las calles. La gente de Haven City ha llegado a desconfiar de los poderes oscuros de Jak, y mientras surgen rumores sobre los vínculos de Jak con Krew y Kor, la ciudad culpa a Jak por las lamentables circunstancias actuales. Cuando el palacio es destruido por un ataque sorpresa de Metal Head, incluso Ashelin no puede proteger a Jak ya que el agente de poder del Alto Consejo, el Conde Veger, obliga a Jak a ser desterrado a la desolada Tierra. Jak es llevado en avión a la dura isla y abandonado. Con Daxter y Pecker valientemente a su lado, los tres comienzan su próxima aventura donde la batalla por la ciudad acaba de comenzar.
El juego incluye plataformas, carreras de vehículos, misiones de rescate, aerodeslizadores, minijuegos y disparos a varios enemigos (incluidas peleas de jefes). Armas que incluyen la escopeta, el rifle de francotirador, la ametralladora y una poderosa arma explosiva del juego anterior, así como dos mejoras para cada arma. Las actualizaciones están disponibles después de progresar en el juego y, al final, el jugador puede cambiar libremente entre estas doce armas.