El Equipo Shadowforce es un equipo de élite y secreto desplegado para situaciones de seguridad nacional. El comisionado de Alpha City, la capital de la nación, ha solicitado la ayuda de Shadowforce contra una misteriosa organización terrorista. Desplegados en el campo, los agentes especiales Dean Travis y Karen Bride deben enfrentarse y derrotar a los terroristas y descubrir la verdad y la conspiración detrás de sus demandas. Una conspiración de una invasión oculta...
Hidden Invasion es un juego de lucha en tercera persona. Controlando a Dean Travis o Karen Bride, el jugador confía en el combate cuerpo a cuerpo y diferentes armas para derrotar a los enemigos. El cuerpo a cuerpo incluye la capacidad de golpear, patear, bloquear y realizar combos de los mismos. Las armas incluyen escopetas, ametralladoras, armas de energía y rifles de asalto, así como una pistola policial estándar enfundada en el jugador. Cada arma utiliza un sistema de apuntar y disparar con un solo botón, según la línea de visión. Si bien el juego tiene entornos 3D completos, el movimiento solo está permitido en las proximidades de ciertos caminos predefinidos. Los objetivos de nivel incluyen desarmar bombas, encontrar tarjetas de acceso y derrotar a líderes terroristas.
El lanzamiento de Playstation 2 en EE. UU. presenta un modo cooperativo adicional para dos jugadores donde ambos agentes pueden usarse a la vez. El juego sigue el progreso mediante una contraseña.