Gerdy, un aprendiz de pastor, se embarca en una búsqueda para rescatar a su padre de un hechizo maligno. Su viaje lo lleva a través de una isla de diversos territorios, poblados por una variedad de criaturas salvajes, cada una de las cuales forma parte de una compleja cadena alimentaria interrelacionada. Para vengar al enemigo de su padre y restaurar la bondad en la isla, Gerdy debe perfeccionar sus habilidades de pastoreo y, en última instancia, competir en un torneo para convertirse en Maestro Pastor.
Herdy Gerdy es principalmente un juego de plataformas con elementos de estrategia y rompecabezas. Los niveles involucran a Gerdy atravesando áreas peligrosas con saltos cronometrados, evitando o destruyendo obstáculos. Sin embargo, una parte importante del juego está dedicada a recolectar varios animales y llevarlos por un camino seguro, de manera similar a los Lemmings . Cada uno de los animales tiene su propio comportamiento y habilidades (por ejemplo, nadar), lo que requiere que el jugador utilice diferentes tácticas para capturarlos.