En la guerra para salvar a Sion, ¿qué papel jugarás?
Enter The Matrix presenta al jugador como Niobe o Ghost, capitán y primer oficial de la nave rebelde Logos, respectivamente. Niobe es una maestra combatiente, capaz de golpear a todos en su camino. Es una excelente piloto, tanto en el mundo real como en Matrix. Ghost es muy hábil con las armas de fuego y su puntería es una maestría. Ambos personajes son muy atléticos, y a lo largo del juego el jugador tendrá que caminar, correr, saltar, ametrallar, mirar, correr por las paredes, subir escaleras y tuberías, y luchar contra varios enemigos.
Las armas disponibles incluyen una pistola de seguridad, una pistola automática, una metralleta, una ametralladora, una escopeta y granadas. Además de las armas, hay disponible una variedad de movimientos cuerpo a cuerpo, desde puñetazos, lanzamientos y agarres hasta patadas y estrangulaciones. A lo largo del juego, se le pedirá al jugador que utilice movimientos de enfoque, que es básicamente el tiempo de bala de las películas. Cuando está enfocado, el tiempo se ralentiza, lo que permite al jugador acercarse a los enemigos, esquivar balas y saltar para evitar los obstáculos que se aproximan.
El juego fue escrito y dirigido por los hermanos Wachowski, y su trama está entrelazada con la de la segunda película, The Matrix Reloaded.