Han pasado veinte años después de los eventos descritos en Deus Ex . Las acciones de JC Denton eventualmente llevaron a un período de depresión económica, conocido como "El Colapso". El mundo está al borde del caos tras el desmantelamiento de las poderosas corporaciones biotecnológicas, y múltiples grupos religiosos y políticos codician el poder.
La ciudad de Chicago es destruida en una explosión de energía devastadora por parte de terroristas desconocidos. Dos aprendices de la Academia Tarsus, Alex D y Billie Adams, son evacuados a otra instalación controlada por Tarsus en Seattle. Poco después, la instalación es atacada por miembros de una organización religiosa llamada Orden. Billie admite que ha estado colaborando con ellos, lo que implica que Tarsus puede estar involucrado en una conspiración. Ahora depende de Alex encontrar su lugar en el nuevo mundo y, en última instancia, dar forma a su destino.
Deus Ex: Guerra Invisiblees un juego de disparos en primera persona que conserva muchos elementos de juego de su predecesor, como conversaciones con personajes, gestión de inventario, exploración y mezcla de varios estilos de juego durante las misiones. Al igual que en el juego original, el estilo de juego ayuda a dar forma al juego a medida que avanza, desde cómo los personajes interactúan con el protagonista hasta los tipos de situaciones que se encuentran. Cada conflicto potencial se puede resolver de varias maneras, a través de medios pacíficos o mediante la violencia, utilizando el sigilo o una demostración de fuerza. Se destaca la piratería de terminales de computadora y el desbloqueo de puertas con herramientas especiales.
Las armas se pueden modificar de varias maneras, por ejemplo, aumentando su velocidad de disparo, silenciando los disparos, permitiendo que el arma atraviese el cristal, etc. Los personajes pueden volver a equipar sus cuerpos con una variedad de partes biotecnológicas, algunas de las cuales incluyen el capacidad de ver a través de las paredes, desaparecer del radar, regenerarse de golpes críticos o saltar doce metros en el aire. A diferencia de la entrega anterior, no hay verdaderos elementos de rol en el juego. El jugador debe buscar recipientes biotecnológicos para instalar y actualizar biomods; sin embargo, no se otorgan puntos de experiencia por completar misiones o tratar con enemigos. La gestión de inventario también se ha simplificado.
La secuela pone más énfasis en las decisiones y diferentes enfoques de las misiones. Desde el comienzo del juego, el jugador tiene la libertad de realizar misiones para organizaciones y personas de su elección. Al igual que en el primer juego, se pueden llegar a varios finales dependiendo de las decisiones del jugador.