Deep Water es un juego de disparos de acción para un solo jugador ambientado en un mundo postapocalíptico donde la atmósfera ha cambiado después de un desastre no especificado. Ahora asumes el papel de un joven llamado El Shipak que se gana la vida cazando monstruos marinos. Hace seis meses, Shipak vio un monstruo especial y ahora está obsesionado con cazarlo.
El juego incluye navegar por los océanos con el barco El Shipaks. En los océanos hay puertos flotantes donde se pueden comprar suministros como combustible y munición para cazar al monstruo. Aquí el jugador también puede comprar mejores armas y mejorar su nave. En el puerto, el jugador también puede realizar misiones. Las misiones generalmente implican navegar a un área determinada y disparar a los enemigos desde la cubierta de tu barco. Maniobrar el barco y luchar contra los enemigos no se puede hacer al mismo tiempo. Si lucha contra enemigos, el jugador puede moverse libremente por la cubierta del barco.