Battle Fantasia es un juego de lucha de estilo arcade en la línea de Guilty Gear con algunos elementos de RPG. Las versiones de consola contienen varias características que son el modo arcade, un modo de entrenamiento y un modo versus (ya sea fuera de línea o en línea, donde los jugadores pueden enfrentarse cara a cara y rastrear sus clasificaciones en línea).
Todas las versiones contienen la característica principal, el modo historia, que se configura entre partidos a través del aspecto de un libro de fantasía. Cuenta la historia de un mundo donde la oscuridad y los monstruos devastaron las tierras, casi destruyéndolas. Durante siglos, la humanidad trató de luchar contra el mal, pero no tuvo éxito, y justo antes de que todo pareciera perdido, cuatro héroes dieron un paso adelante y ahuyentaron la oscuridad, devolvieron la paz y la tranquilidad al mundo. Como resultado de la guerra, el mundo se dividió en dos reinos, Magic Kingdom y Steam Empire, pero después de muchos años, Deathbringer ha regresado al mundo y amenaza con destruirlo una vez más.
El jugador toma el control de uno de los doce personajes, cada uno con su propia historia de fondo que se vincula con la devastadora guerra y la reaparición del Deathbringer. Cada uno tiene su propia habilidad y armas para usar, sin embargo, a diferencia de los juegos de lucha tradicionales con barras de vida, las barras de vida siguen presentes, pero se determinan a través de los puntos de golpe y la salud se deduce según el ataque y la fuerza del atacante.
El juego se muestra a través de gráficos 2-D con sombras de celdas en entornos 3-D, mientras que la historia se cuenta a través de ilustraciones dibujadas a mano por Emiko Iwasaki, quien también dibujó a los personajes principales del juego.