Esencialmente un FPS ambientado en el universo Ghost in the Shell, el juego presenta cuatro personajes jugables: Major Motoko, Batou, Togusa y Saito. Cada personaje tiene sus propias complejidades y estadísticas, lo que le da una sensación ligeramente diferente al juego dependiendo de quién se elija. También están disponibles cuatro minitanques Tachikoma diferentes para llevar en la misión, cada uno con sus propias estadísticas y personalidad.
El modo para un jugador te lleva a través de un nuevo capítulo de la saga Ghost in the Shell: Stand Alone Complex. Un grupo terrorista ha robado valiosa documentación que detalla un levantamiento histórico en el Extremo Norte. Entonces se convierte en su trabajo recuperar la documentación y descubrir el motivo del robo.
Hay cuatro modos multijugador ad-hoc disponibles divididos entre Free for All o Team deathmatches usando los personajes jugables regulares o los Tachikomas (no puedes jugar con una combinación de personaje/tachikoma). El juego multijugador está limitado a 6 jugadores en total en un partido.